方舟商店也被称为魔法工坊，主要可以购买和兑换各种功能型魔法道具，这些魔法能帮助玩家改变外观或获得临时能力，用以辅助探索、解谜和社交。想要进入商店，玩家必须首先完成魔法季的相关任务，前往暮土地图右侧乘坐小船抵达遗忘方舟，并完成收集六色流光的任务以解锁商店功能。

商店里提供的魔法种类 丰盛，其中一个主要类别是改变角色身高的魔法，例如能让你暂时变高的大只佬魔法和能让你变矮的小不点魔法。另一大类则是实用的功能型魔法，包括可以让你在空中漂浮一段 时刻的漂浮魔法、能快速补充能量的光能药剂、让你全身散发星光的璀璨之星魔法，以及恢复能量的元气满满魔法等，这些魔法都能在特定的游戏场景中提供便利。

除了用蜡烛兑换的魔法，方舟商店还设有一个每日免费魔法领取点，位于方舟的右上方。这里每天会刷新并免费提供两种随机魔法，玩家无需消耗任何资源即可领取，这是获取魔法的一个稳定来源。整个魔法商店的功能与遗忘方舟的地图深度绑定，它由多个散布在方舟遗迹中的摊位构成，并非一个单一的建筑。

在方舟商店购买魔法需要消耗游戏内的主要货币——蜡烛。玩家可以通过每日跑图收集烛火、完成日常任务或参与活动来积累蜡烛， 接着在商店界面选择心仪的魔法进行兑换即可。需商店里兑换到的魔法道具大多具有限时效果，使用后会持续一段 时刻，并非永久改变属性，因此需要合理规划使用。